Você pode usar uma expressão sed simples:
sed -Ei 's/^([^_]+)_([^_]+)_/,,/' file
file
do conteúdo após a modificação:
ADB,AR,2006_07.pdf
ADBL,AR,2010_11.pdf
CBL,AR,2013_14.pdf
CZBIL,AR,2007_08.pdf
BOKL,AR,2015_16.pdf
-
i
- permite modificação de arquivos no local -
-E
- permite expressões regulares estendidas
Uma abordagem simplificada seria como:
sed -i 's/_/,/; s/_/,/' file