Outra possibilidade pode ser usar algum sistema de arquivos especializado. Talvez um sistema de arquivos FUSE (por exemplo, FUSE-BGZIP ) que está fazendo a compressão poderia fazer o truque, e você poderia adaptá-lo para compactar apenas de forma transparente os poucos arquivos que você quer (por exemplo, com alguns overlayfs ).
Veja também esta questão (compactação transparente para ext4).