O erro ffmpeg que você está recebendo me faz pensar que você pode ter apenas um arquivo corrompido. Você poderia tentar sox audiofile.wv audiofile.flac
. Alternativamente, você poderia usar as ferramentas wavpack:
wvunpack audiofile.wv -o - | flac - -o audiofile.flac
Observe que não será copiado nenhum metadado; você precisará fazer isso separadamente.
Se mesmo as ferramentas do wavpack não conseguirem ler o arquivo com sucesso, o arquivo provavelmente estará corrompido.