A forma clássica que costumávamos fazer no passado era:
ls .??*
Isso listaria todos os dotfiles, mas não incluiria . ou .. . Claro, quem quer que tenha pensado nisso assumiu que todos os dotfiles seriam nomeados com dois ou mais caracteres após o . .
A outra falha é se você tiver diretórios que começam com . , então esse comando listará o conteúdo dele. Esse aspecto pode ser corrigido usando o sinalizador -d para ls . Isso diz ao ls para mostrar apenas os diretórios especificados na linha de comando sem se aprofundar neles.
Atualmente, a maioria das versões de ls inclui o -A flag, que listará todos os dotfiles no diretório, mas excluindo . ou .. . E você não precisa se preocupar em colocar uma bandeira -d lá.