Se você clicar com o botão direito do mouse, arrastar e soltar (ou pressionar Alt após , você começou a mover o ícone para que ele não acione a movimentação da janela) e deixe ir o arquivo que um menu de contexto mostra dando-lhe a escolha de Copiar, Mover, link, etc.
Exemplo arrastando um arquivo para minha área de trabalho:
O cursor terá um pequeno ponto de interrogação, então quando você soltar isso aparecerá:
Alguém arquivou um relatório de erros com o Nautilus para oferecer suporte a arrastar e soltar com o botão direito, mas o desenvolvedor considerou que desnecessário.