Isso funcionará independentemente de quantos bytes estão em uma única linha
sed ':a $!N;s/\n/ /;ta;s/\(\(\([[:xdigit:]]\)\{2\} *\)\{8\}\([[:xdigit:]]\)\{2\}\) */\n/g'
Entrada
$ cat alignbyte
00 2f c6
b8 29 fd 02
37 11 00 9f 74 34 0b 60 72 38
20 00 9e 61 33 8e ab 8a c0 09
00 fa f0 66
6d 0c 44 d6 24
00 a1 11 9d a2 13 a5 b3 83
Saída
$ sed ':a $!N;s/\n/ /;ta;s/\(\(\([[:xdigit:]]\)\{2\} *\)\{8\}\([[:xdigit:]]\)\{2\}\) */\n/g' alignbyte
00 2f c6 b8 29 fd 02 37 11
00 9f 74 34 0b 60 72 38 20
00 9e 61 33 8e ab 8a c0 09
00 fa f0 66 6d 0c 44 d6 24
00 a1 11 9d a2 13 a5 b3 83
Acabei de notar que o seu arquivo de entrada parece ter dois espaços em branco após cada conjunto de 9 bytes, exceto pelo último conjunto. Se isso é um erro de digitação e todos os conjuntos de 9 bytes são de fato separados por dois espaços, então o comando para obter o que você quer é simplesmente isto:
sed 's/ /\n/g' file