As soluções simples com o awk (GNU):
Cada um em 100 (linhas com o número divisível por 100):
do_something | awk 'NR % 100 == 0'
ou pseudoaleatoriamente:
do_something | awk 'rand() < 0.01'
Os números provavelmente não serão exatamente uniformes e pode ser necessário adicionar BEGIN{ srand() }
para inicializar uma nova semente para cada execução.