Eu estava procurando exatamente o mesmo. Para mim, qpdfview funciona como um encanto. Anotações e realce de texto são reconhecidos no Adobe Reader (Linux versão 9, Windows. IOS). A edição feita nas plataformas mencionadas é também reconhecida pelo qpdfview. Ele permite que você exclua anotações e realce e armazena anotações no PDF.
É gratuito, o código-fonte pode ser encontrado no launchpad . Você o encontra no Ubuntu Software Center e há um ppa para uma versão mais recente: ppa: b-eltzner / qpdfview