Como já foi dito, isso parece ocorrer com outras versões do Ubuntu também.
Inicialmente eu estava saindo e então usei a tecla Windows + L para travar a tela e depois fazer o login novamente. Dessa forma você pode manter seus aplicativos abertos.
Como alternativa, você pode tentar o seguinte de Moch Sholichudin (ms-patrik99) na lista Element Bug: ref 1430587:
Fixing this problem is rather too easy. Open a terminal
(Ctrl+Alt+T) and use the following command:
$ gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.cursor active false
fonte: link
Outro usuário Gabriel Couto (gmcouto) disse que isso não funcionou inicialmente, mas definiu-o como "verdadeiro" depois disso.