Você pode usar strace para visualizar toda a atividade do sistema de arquivos dos processos relacionados ao daemon e ver quais falharão quando os erros de permissão negada aparecem.
Se o erro vier de um script de shell que inicia o serviço, você poderá executar sh -x /path/to/startup/script
(ou bash -x /path/to/startup/script
se o script começar com #!/bin/bash
) e o shell imprimirá cada linha à medida que for executado.