Você pode adicionar uma chave de classificação especial para campos vazios e removê-la novamente após a classificação. Essa chave não deve estar presente em seus dados de entrada e deve ser maior que todos os valores (numéricos).
Por exemplo:
$ awk '$2 ~ /^$/ { print $1, "XXX"; next; } {print $0 }' f \
| sort -k2b
| sed 's/XXX$//'
11 20
09 31
93 45
26
55