A migração do seu sistema de arquivos raiz para uma nova partição deve ser possível.
cp -R /oldroot/* /newroot
-R é o argumento errado nessa situação, porque cp não preservará atributos de arquivo como proprietários e permissões por padrão. Exclua o sistema de arquivos raiz copiado e comece novamente com:
cp -a /oldroot/* /newroot
-a deve preservar tudo, ou pelo menos tudo que é importante.
Depois de copiá-lo novamente, você precisa fazer o seguinte:
- monte a partição
bootem/newroot/boot - vincular a montagem
sys,proc,deverunin/newroot -
chrootem/newroot - execute
update-initramfs -ueupdate-grub
O sistema deve então inicializar a partir da nova partição.