É totalmente seguro instalar quantos gerenciadores de janelas você desejar.
Eles simplesmente ocupam espaço em disco, o que é muito barato hoje em dia. E este software nunca ocupa tanto espaço quanto os seus dados, por isso não é um problema.
Não só você pode mudar um sistema Ubuntu existente para o Kubuntu fazendo
apt-get install kubuntu-desktop
mas você também pode simplesmente instalar os poucos pacotes que desejar. Você também pode executar pacotes do KDE em Gnome, Unity, Enlightenment e vice-versa.
Eles são apenas aplicativos usando bibliotecas específicas, não há restrições sobre o que você executa. Ele parecerá mais uniforme se você ficar com uma família de aplicativos e "custará" um pouco mais de RAM se você executar aplicativos usando várias bibliotecas diferentes. mas não importa tanto quanto se possa pensar.
Experimente todos os aplicativos que você pode. Escolha o que você preferir e execute-o em seu ambiente favorito. É disso que se trata o Linux; escolha e prazer dessa escolha.
Você também pode executar uma área de trabalho muito minimalista semelhante ao KDE, executando
kwin & plasma-desktop & krunner &
Tudo é opcional.