Assim, depois de horas de pesquisa e ajuda sem conhecimento, o problema foi descoberto. Eu estava gerando minhas chaves ssh com ssh-keygen e adicionei um argumento adicional "-o" que gerava as chaves em um novo formato para o openSSH. O problema era que o meu chaveiro do gnome não suportava tais chaves, pois as chaves tinham o esquema de assinatura Ed255519. O chaveiro do GNOME não suporta isso desde 3.20. Eu reverti para o RSA e não tive mais problemas!.