Isso soa como algo que talvez pudesse ser perfeitamente resolvido com o rsync. Na sua forma mais simples, pode ser chamado assim
rsync sourceFolder destinationFolder
Chamado em um crontab a cada 5 minutos:
*/5 * * * * /usr/bin/rsync sourceFolder destinationFolder
Para opções, permissões, exclusão de arquivos ou diretórios especiais, consulte man rsync
.