A saída não vem de nohup , vem do seu shell (bash).
Você baseou esses processos usando & e, portanto, o shell informa quando os comandos são encerrados. Se você não quiser que o shell faça isso, use disown . Além disso, usando disown , você não precisa mais de nohup . Por exemplo:
if [ -d "$HOME/cryptopp" ]; then
(
cd "$HOME/cryptopp"
git fetch -p && git pull
) </dev/null &>/dev/null &
disown $!
fi
No exemplo, geramos um subshell com os redirecionamentos, criamos um plano de fundo e depois o desativa.