Com make menuconfig , você só altera o arquivo de configuração .config , que é usado no processo de compilação. Não é necessário usar essa ferramenta menuconfig - existem outros scripts para isso ou pode-se até mesmo editar .config manualmente (embora isso seja propenso a erros e, portanto, não seja recomendado).
Então, para concluir a tarefa que você iniciou, você precisa compilar o kernel com novas configurações, copiar esse kernel para /boot (ou onde quer que seu gerenciador de inicialização esteja lendo), opcionalmente atualizar link /usr/src/linux para apontar para corrija a fonte, adicione ao grub (ou outro gerenciador de inicialização que você usa) uma linha com o novo kernel, e depois disso, apenas reinicialize, selecione a linha anteriormente definida no menu grub, e voilà.