Os problemas que você teve com alienígenas provavelmente não são devidos a um bug ou limitação no alien, mas a um problema intrínseco de sua abordagem. Converter um pacote deb em um pacote rpm é fácil, e o alien o faz bem. Converter um pacote para o Ubuntu em um pacote para o CentOS é muito mais difícil. Isso significa não apenas reempacotar os arquivos em um formato diferente, mas também mover arquivos para estar nos diretórios onde o CentOS os espera, modificando os arquivos de configuração para que eles trabalhem no CentOS (por exemplo, com um sistema init diferente), declarando dependências em pacotes que tem nomes diferentes (ou pode nem estar presente na distribuição), etc.
Com 500 pacotes, você provavelmente encontrará alguns casos difíceis. Se vale a pena o esforço para criar pacotes fictícios, criar links simbólicos e scripts de wrapper, ajustar a configuração do sistema, etc., depende de você, mas eu definitivamente estaria procurando outra solução. Em particular, note que há uma boa chance de que os binários Debian sejam compilados em versões de bibliotecas diferentes das que estão presentes no CentOS.
Se você quer rodar programas criados para o Debian em uma máquina CentOS, a menor solução seria instalar o Debian em um chroot ( este guia sobre como instalar o Debian em outra versão do Debian pode ser útil, pois não há muita dependência do lado do hospedeiro).
Se você quer ter pacotes “apropriados” do CentOS, então construí-los a partir do código-fonte será muito mais fácil do que converter os pacotes Debian.