Ok, com nomes de arquivo ocorrendo em pares correspondentes, você pode usar o seguinte:
for f in words/*/*1.txt ; do awk -f corpus_vs_flexion.awk "$f" "${f%1.txt}2.txt" ; done
A frase "${f%1.txt}2.txt" diz "use o nome do arquivo de "$f" , mas remova a finalização 1.txt e adicione a finalização 2.txt ".