Ok, com nomes de arquivo ocorrendo em pares correspondentes, você pode usar o seguinte:
for f in words/*/*1.txt ; do awk -f corpus_vs_flexion.awk "$f" "${f%1.txt}2.txt" ; done
A frase "${f%1.txt}2.txt"
diz "use o nome do arquivo de "$f"
, mas remova a finalização 1.txt
e adicione a finalização 2.txt
".