Se você quiser dividir a saída em vários arquivos, cada um limitado a 1.000 linhas, use split .
Se você quiser apenas "truncar a saída que vai para outro arquivo até um máximo (por exemplo: 1000 linhas)", use head :
cmd | head -n1000 >output_file
A opção -n informa head para limitar o número de linhas de saída. Como alternativa, para limitar a saída por número de bytes, a opção -c seria usada. Para detalhes, consulte man head .
O utilitário complementar para head é tail . Um usa tail quando se quer o fim de um arquivo, e não o começo. Assim, tail -n1000 forneceria as últimas 1.000 linhas de um arquivo.