Você parece estar misturando posições de campo e posições de personagem. Não há necessidade de dividir em A
; com a classificação GNU, você pode classificar um intervalo de caracteres dentro do primeiro campo delimitado por espaço:
$ sort -k1.4,1.11 -k1.1,1.2 file
01A12345679 12345679 132132155VDVLDLV
02A12345679 FONDSEURO 000012664,120000000M
02A12345679 FR09999956570000009999,999990000F
03A12345679 2014-09-30-00.00.01.000000-0000
01A12345680 472958519598601200000000047295824
02A12345680 122121EUR 0000099999,370000000M