Você pode fazer algo como:
while xclip -o -sel c && echo; do
xclip -i -quiet -sel c <> /dev/null >&0 2>&0
done > file
xclip -o -sel c despeja o conteúdo da seleção CLIPBOARD . xclip -i -quiet -sel c reivindica a propriedade da seleção CLIPBOARD (e a deixa vazia) até que alguma outra coisa a reivindique novamente. Se você tiver um gerenciador da área de transferência em execução, talvez queira desativá-lo, pois isso provavelmente interferiria.