Acho que você está procurando apt-offline .
Na sua máquina Linux sem conexão com a Internet, digamos que você queira instalar o emacs. Você faria:
# apt-offline set --install-packages=emacs /media/usbstick/offline.sig
Em seguida, na sua máquina Windows com conexão à Internet, você faria:
E:\> apt-offline get offline.sig
e finalmente, na sua máquina Linux:
# apt-offline install /media/usbstick/offline.zip
Mais detalhes podem ser encontrados no artigo Gerenciamento de Pacotes Offline para o APT . Super User tem alguma ajuda para adicionar o apt-offline ao seu caminho no Windows .