O Unix usa a contagem de referência para descobrir se um arquivo está em uso ou se os dados podem ser excluídos / reutilizados.
Um filehandle aberto conta como uma referência - assim, até que seja fechado, esse espaço será ocupado. Reiniciar o processo com o filehandle aberto fechará o filehandle e, se ele for removido da estrutura de diretórios, ele desaparecerá quando a contagem de refras cair para zero.
Então, sim - reiniciar o processo fará com que o arquivo desapareça.
Isso pode acontecer com o registro excessivamente detalhado de um daemon - ele ainda está gravando em seu arquivo de registro, apesar de alguns indivíduos bem intencionados terem uma limpeza.