Isso porque /usr/bin/X11
é um link simbólico para /usr/bin
(o ponto no final significa o mesmo diretório em que o link está):
$ ls -l /usr/bin/X11
lrwxrwxrwx 1 root root 1 May 5 2013 /usr/bin/X11 -> .
Se você navegar ou cd
para esse diretório, você está apenas olhando para /usr/bin
.