Isso porque você definiu
set mbox_type=Maildir
que configura o tipo de caixa de correio padrão para caixas de correio recém-criadas para maildir.
E o padrão maildir diz que um maildir X
deve ter sub-pastas {cur,new,tmp}
. Uma pasta sent
é não descrita pelo padrão maildir.
Assim, quando você especifica como destino ~/.mail/sent
mutt, interpreta-o como maildir base path e cria os subdiretórios habituais {cur,new,tmp}
there, se eles ainda não estiverem presentes.