Não é uma correção perfeita, mas se alguém tiver esse problema, eu escrevi um script que corrige quando executado sem precisar reiniciar nada.
#!/bin/bash
currenttheme=$(gsettings get org.gnome.desktop.wm.preferences theme)
currentgtk=$(gsettings get org.gnome.desktop.interface gtk-theme)
echo $currentgtk
gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme 'Ambiance'
echo reset
sleep 0.2
gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme "$currentgtk"
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences theme "$currenttheme"