Apenas para fins educacionais, explicarei: Você provavelmente usou o utilitário de configuração httpd baseado em GUI, fornecido pelo Fedora. Cria o arquivo system-config-http.conf. O Apache carrega primeiro o conf.d "normal" (que tem uma porta de escuta especificada) e começa a escutar nessa porta. O Apache então carrega os arquivos outros .conf e os processa. O novo arquivo de configuração criado pelo utilitário GUI contém (td-da!) Outra diretiva 'listen' para a porta 80! Assim, o Apache "vê" algo que já tem a porta 80 ocupada, de modo que é quando o Apache interrompe o processo de inicialização e sai completamente.
A parte interna de tudo isso é que você nunca verá a porta 80 ocupada por qualquer coisa . Eu fui mordido por isso anos atrás, e apenas agora quando eu instalei o Fedora 15. Eu pensei que certamente eles teriam consertado seu utilitário de configuração para prevenir este comportamento há muito tempo atrás. Errado!