Você precisará fazer um symlink duplo similar ao que o /etc/alternatives faz no Ubuntu, a saber:
Dentro de ~ você terá um link:
linked_directory -> /<local filesystem>/linked_directory
Em cada uma das máquinas locais:
/<local filesystem>/linked_directory -> /<actual location>/linked_directory
Contanto que nem /<local filesystem>/ nem /<actual location>/ sejam compartilhadas entre máquinas dentro de seu ~ , o conteúdo de linked_directory será único.