Ao configurar o Subversion, tente
./configure --with-apr=/usr/local/apr/
Isso pode não ser exatamente o caminho certo. Tente encontrar apr-config
e dar o caminho para isso. Eu estou supondo que seja:
./configure --with-apr=/usr/local/apr/bin/apr-config
Teste ./configure --help
para ver quais são suas opções. Existem muitos deles.