Apenas supondo, mas isso parece uma maneira de evitar um conflito entre os IDs de usuário "padrão" de baixo número e os UIDs locais. Os UIDs locais são contados a partir de um valor máximo, e os UIDs do sistema contam a partir do mínimo, com chances quase nulas de colidirem.
(eu usei apenas uma vez um sistema com mais de 64K usuários normais em uma única máquina, e isso ocorreu nos dias anteriores ao LDAP.)
O esquema comum 1-1000 a que você se refere tem alguns problemas:
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Você grava todos os valores ainda não utilizados. Você tem que reservar mais do que você acha que vai precisar.
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Se você errar, você tem um problema de compatibilidade com a frente. Eu usei * ixes que tinham um limiar de 500 em uma versão, depois 1000 na próxima, sem dúvida porque alguém decidiu que tinha ficado sem UIDs padrão, ou estava em perigo.