Uma maneira de usar GNU sed :
Conteúdo de script.sed :
/^\documentclass[^{]*{[^}]*}/ {
a\
\usepackage[utf8]{inputenc}\
\usepackage[T1]{fontenc}\
\usepackage{ngerman}
}
Execute como:
sed -s -i.bak -f script.sed foo*.tex
Eu uso ^ para corresponder ao documentclass no início da linha. Remova-o se você puder ter espaços antes dele.
A opção -s considera cada entrada como um arquivo diferente e -i cria backups com extensão bak .