Se você colocar algo ilegal no início do arquivo .emacs e o emacs realmente estiver lendo, eu esperaria que ele falhasse na inicialização. Por exemplo, se eu colocar uma linha contendo
Hello William
na primeira linha do meu .emacs, o programa me dá o aviso
Symbol's value as variable is void: Hello
e não consegue carregar o restante do arquivo.
Você pode usar strace
(ou o equivalente do Fedora, talvez truss, dtruss etc) para rastrear as chamadas do sistema e procurar onde o emacs tenta abrir .emacs na saída. Por exemplo, sob o shell bash:
strace emacs 2> strace-ouput.txt