O CMakeLists.txt do Cuneiform não inclui o caminho de inclusão específico do arco das bibliotecas. Para corrigir isso para o ImageMagick, mude a linha 40 de cuneiform_src/CMakeLists.txt de
include_directories(${ImageMagick_Magick++_INCLUDE_DIR})
para
include_directories(${ImageMagick_Magick++_INCLUDE_DIR} ${ImageMagick_Magick++_ARCH_INCLUDE_DIR})
A integração de pkg-config do CMake recupera as informações corretamente.