iptables são sequenciais, o que significa que a primeira regra que eles acertam é correspondida. regras como ACCEPT, DROP e REJECT são terminais, o que significa que o pacote não continuará na cadeia. -A means append . Então o que você fez é
- combina tudo e REJEITA # tudo para aqui
- aceitamos a porta tcp 80 # nunca chegamos a isso porque tudo parou ai ^
INPUT chain com -F e inverta a ordem na qual você executa suas regras. Eu também recomendo ler artigo de Dan Robbins sobre o design de firewall stateful que não é apenas para gentoo ou kernel 2.4.