Quando você instala o Ubuntu, precisa gerenciar manualmente as partições. Você pode decidir onde montar / (root) e formatar essa partição, então você seleciona onde montar sua casa e escolhe não formatar essa partição (você não checa a opção de formatação). Desta forma, você não perde nada, mesmo que alguma pasta de configuração (por exemplo, .mozilla) possa mudar. Sugiro fazer backup da pasta Home antes, no caso de erros que você possa corrigir.
Aqui há um bom tutorial.