Para mim, a parte não óbvia costumava ser que a raiz de um sistema de arquivos também é um diretório, como qualquer outro. Então você realmente tem dois diretórios no mesmo local: o ponto de montagem original e a raiz do sistema de arquivos montado.
Antes da montagem, você vê as permissões do ponto de montagem. Após a montagem, você vê as permissões da raiz do sistema de arquivos montado, porque é isso que está lá agora. É o mesmo com o conteúdo: ele vai do ponto de montagem (geralmente) vazio até o conteúdo da raiz do sistema de arquivos montado. Quando você pensa sobre isso, não faria sentido se você tivesse o conteúdo do sistema de arquivos montado com as permissões do ponto de montagem.