Parece que no Stretch, há uma necessidade de um PATH de biblioteca PERL extra.
Após a inspeção do código webmin perl, descobri que uma diretiva de configuração perllib é aceita no arquivo de configuração; e o código adiciona ao que já está configurado em PERLLIB pela duração do programa.
24 %config = &read_config_file($config_file);
25 if ($config{'perllib'}) {
26 push(@INC, split(/:/, $config{'perllib'}));
27 $ENV{'PERLLIB'} .= ':'.$config{'perllib'};
28 }
Então, adicionei ao arquivo /etc/webmin/miniserv.conf da linha:
perllib=/usr/share/webmin
E webmin começou a trabalhar.
P.S. Se você chegou aqui devido a problemas no Webmin após migrar para o Stretch, consulte também Webmin parou de abrir