Se você está sempre sincronizando na mesma direção, use o rsync. Se você estiver sincronizando nas duas direções, use o uníssono. O Unison suporta tanto o Linux quanto o Windows; a documentação explica como configurá-lo no Windows (você também precisará de um cliente SSH).
Para sincronizar entre mais de dois locais, escolha um como mestre e sincronize todos os outros locais com o mestre. Aqui, configure a estação de trabalho e o laptop para sincronizar com o Freebox.
Você precisará ter um binário uníssono no Freebox. Como ele roda o Linux e tem um processador x86, se ele já não tiver uníssono, você pode copiar o binário de qualquer instalação do Linux de 32 bits.