Em muitas placas de som modernas, o mapeamento de porta é totalmente configurável: você pode, em software, configurar cada porta física para ser entrada ou saída e qualquer saída ou entrada que desejar. Isso, infelizmente, significa que, às vezes, sistemas operacionais diferentes (e às vezes até mesmo versões de sistemas operacionais) são padronizados para diferentes mapeamentos.
Resumindo: o Windows está usando uma porta diferente do Linux. O volume muito baixo de áudio que você está ouvindo é transmitido da porta que o Linux está dirigindo.
A solução mais fácil é provavelmente usar a porta padrão do Linux, então (se você quer que ela funcione no Windows) eu acho que quando você conecta seus alto-falantes durante o Windows, o Windows pergunta o que você acabou de conectar - e Em seguida, configure-se para corresponder ao padrão do Linux. Eu acho que você pode fazer a configuração no Linux também (para mudar o mapeamento padrão do Linux), mas o AFAIK não possui uma maneira amigável de fazê-lo.