Eu tenho isso para trabalhar.
Você precisa adicionar a chave 'StartupWMClass' à sua entrada na área de trabalho.
StartupWMClass: Se especificado, é sabido que o aplicativo mapeará pelo menos uma janela com a string fornecida como sua classe WM ou dica de nome WM.
Informações de protocolo aqui com mais detalhes aqui .
Você pode instalar o xprop, executá-lo e clicar na barra de título para descobrir qual classe é o seu aplicativo.