Estou supondo que seus arquivos csv
sejam semelhantes a:
Arquivo1
123123,,
222333,,
Arquivo2
111222,Jones,Sally
111333,Johnson,Roger
123123,Doe,John
444555,Richardson,George
222333,Smith,Jane
223456,Alexander,Philip
Você pode tentar usar o comando join
da seguinte forma:
# join -t, -v 2 <(sort file1) <(sort file2)
111222,Jones,Sally
111333,Johnson,Roger
223456,Alexander,Philip
444555,Richardson,George
Mais informações sobre o comando podem ser encontradas aqui: man join
join [OPTION]... FILE1 FILE2
-t CHAR
use CHAR as input and output field separator
-v FILENUM
like -a FILENUM, but suppress joined output lines