Uma pequena variação em Instalando pacotes por importar a lista com o dpkg --set-selections deve fazer o truque.
Salve a lista de pacotes no seu sistema de referência:
dpkg --get-selections > packages.lst
Em seguida, instale os pacotes baseados nessa lista no seu sistema de destino, depois de atualizar a lista de pacotes disponíveis:
dpkg --merge-avail <(apt-cache dumpavail)
dpkg --clear-selections
dpkg --set-selections < packages.lst
apt-get dselect-upgrade