Você pode usar as ferramentas libguestfs para acessar sistemas de arquivos em uma imagem de máquina virtual.
mkdir ~/mnt
guestmount -a /path/to/vm-image.vdi -m /dev/sda1 ~/mnt
… edit files …
fusermount -u ~/mnt
O Libguestfs usa o QEMU, que pode usar o KVM. KVM e VirtualBox não podem ser usados ao mesmo tempo. Se você tiver o VirtualBox em execução, feche-o e certifique-se de que o módulo do kernel kvm
esteja carregado ou organize-o para executar o QEMU sem o KVM. Você pode fazer com que o QEMU evite o KVM (mais lento, mas não de uma maneira que importe apenas montar o sistema de arquivos e editar alguns arquivos) configurando LIBGUESTFS_BACKEND_SETTINGS=force_tcg
no ambiente.