Então você quer algo assim:
tree | sed 's/├\|─\|│\|└/ /g'
Ele substitui todos os caracteres "line" por espaços.
Veja:
$ tree
.
├── dir1
│ ├── file1
│ └── file2
└── dir2
├── file1
└── file2
2 directories, 4 files
$ tree | sed 's/├\|─\|│\|└/ /g'
.
dir1
file1
file2
dir2
file1
file2
2 directories, 4 files