Não, há uma diferença; -)
# ls -l x
-rw-r--r-- 1 root root 0 Jan 27 20:07 x
# chmod u+s x
# ls -l x
-rwSr--r-- 1 root root 0 Jan 27 20:07 x
# chmod u+x x
# ls -l x
-rwsr--r-- 1 root root 0 Jan 27 20:07 x
Veja, por exemplo link
Você vê a diferença mais claramente
- Capital S:
chmod 4655
(sem executar) - s pequenos:
chmod 4755
(executar conjunto)
Para quando você precisaria de capital S? Boa pergunta ...