Não há uma "impressão digital do servidor". Há uma impressão digital para cada chave que o servidor pode usar:
ssh-keygen -lf /etc/ssh/ssh_host_dsa_key.pub
ssh-keygen -lf /etc/ssh/ssh_host_ecdsa_key.pub
ssh-keygen -lf /etc/ssh/ssh_host_rsa_key.pub
O usuário pode forçar o cliente a selecionar um determinado tipo, embora:
ssh -o "HostKeyAlgorithms ssh-rsa,ssh-dss,..." user@host