E qual foi exatamente o seu problema? Eu tenho Redshift habilitado com valores personalizados para dia e noite, mas você também pode definir dia e noite para o mesmo valor, assim, ter a mesma configuração o tempo todo.
Não vejo diferenças aqui na configuração do Redshift no Linux e do f.lux no Windows, exceto pelo fato de que é possível usar uma GUI no Windows que muitos usuários preferem ao editar seu arquivo de configuração / registro no Windows.
Exemplo para o mesmo valor para dia e noite:
$ grep -v "^;" .config/redshift.conf
[redshift]
temp-day=3400
temp-night=3400
transition=1
location-provider=geoclue2
adjustment-method=randr
[manual]
lat=xx.xxxx
lon=xx.xxxx
Editar: transition=1
não faz muito sentido, provavelmente é 0 quando não há nada para fazer a transição, exceto ao iniciar.