Se você precisar fazer backup apenas da configuração do sistema (que no final do dia geralmente é cerca de um terço do conteúdo de um sistema), tudo que você precisa é uma lista de pacotes instalados + sua configuração. A lista de pacotes instalados que você pode obter com o seu utilitário de empacotamento, a configuração de todo o sistema, mora em /etc
(em /usr/local/etc
e /opt/<vendor>/etc
se você tiver algum material realmente não padrão instalado) e também pode querer lançar em código%. Assim, você pode apenas fazer backup dos diretórios de configuração e da lista de pacotes instalados, e você deve ter tudo o que é necessário (para o primeiro terço).
Os outros dois terços seriam:
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dados particulares do usuário (diretórios base) e
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dados públicos do usuário: dados acessados por vários serviços em execução no sistema - geralmente filas de correio, dados servidos pelo daemon http. De alguma forma, máquinas virtuais ou raízes de mudança também podem se enquadrar nessa categoria.
Com relação ao backup em todo o sistema, além das opções mencionadas nas outras respostas, se a sua instalação (seja um convidado virtualizado ou o host VPS) estiver em um sistema de arquivos separado, você pode usar o backup / capacidade de snapshot (por exemplo, o XFS tem esse recurso) ou montá-lo somente leitura e despejar seu dispositivo contendo (o que pode ser perigoso). O simples ssh seria mais suficiente para fazer isso.
Como em qualquer outra operação de sistema de baixo nível, é recomendável executar qualquer operação no multiplexador de terminal, que proteja o processo de backup de possíveis quedas de conexão e ter uma conexão ssh sobressalente (preferencialmente servida por um processo diferente).