Você pode definir uma variável de ambiente para esse diretório.
# Making the variable name consist entirely of capital letters makes the
# variable less likely to conflict with other variables in scripts. You can
# make the variable name consist of lowercase letters but you may run
# into problems.
export DB=/some/very/long/path/db
Então você pode usar a variável exportada no Vim como tal:
:e $DB/file.java
e no seu shell como tal:
grep -r string $DB
As facilidades de substituição de variáveis do Vim e do bash são totalmente independentes umas das outras. O Vim apenas substitui as variáveis do ambiente de maneira semelhante ao bash (e a muitas outras conchas).